Upravljanje sklada
Organa Sklada sta direktor in Nadzorni svet
Matjaž Ribaš, MBA
Direktorja imenuje in razrešuje Vlada RS na predlog Nadzornega sveta in je imenovan za dobo štirih let z možnostjo ponovnega podaljšanja.
Nadzorni svet
-dva predstavnika državnega organa pristojnega za regionalni razvoj,
-predstavnik državnega organa pristojnega za razvoj,
-predstavnik ministrstva pristojnega razvoj podeželja,
-predstavnik ministrstva pristojnega za finance,
-predstavnik subjektov spodbujanja razvoja na regionalni ravni,
-predstavnik strokovnjakov s področja regionalnega razvoja.
Nadzorni svet imenuje in razrešuje Vlada RS na predlog ministra, pristojnega za regionalni razvoj, in je imenovan za dobo štirih let z možnostjo ponovnega imenovanja.
Organiziranost procesa dela
Notranja organizacija poteka v treh sektorjih, in sicer Sektorju za finančne spodbude, Splošnemu sektorju in Finančnemu sektorju. Na dan 31.12.2020 je bilo na Skladu zaposlenih 23 oseb.

Sektor za finančne spodbude
Bistvene naloge sektorja:
- Priprava planov spodbud
- Priprava in izvedba javnih razpisov
- Obravnava vlog po javnih razpisih
- Izvedba sklepanja pogodb z vlagatelji
- Črpanje sredstev po sklenjenih pogodbah
- Podajanje informacij o razpisnih pogojih
- Izvajanje nadzora nad porabo dodeljenih sredstev
- Izvajanje promocijskih aktivnosti

Splošni sektor
Bistvene naloge sektorja:
- Presoja ustreznosti zavarovanj
- Izvedba javnih naročil
- Izdaja zemljiško-knjižnih dovoljenj
- Skrbništvo strateških dokumentov, ISO standarda
- Izvedba/sodelovanje v postopkih po prekinitvah pogodbe
- Ostale pravne zadeve
- Kadrovske zadeve
- Informacije splošnega značaja

Finančni sektor
Bistvene naloge sektorja:
- Računovodstvo in plačilni promet
- Planiranje financiranja in tekoče likvidnosti
- Spremljava in uravnavanje tveganj
- Spremljava pogodb danih spodbud
- Priprava finančnih in statističnih poročil
- Izvajanje nalog Organa za potrjevanje FP 14-20 in Računovodske funkcije FP 21-27